Entre as 74 fajãs da ilha, estas incluem as únicas lagunas costeiras do arquipélago, separadas do oceano por cordões de cascalheiras de praia. No caso da Fajã da Caldeira do Sto. Cristo, é mantida aberta uma ligação direta entre o mar e a laguna, por ação do Homem, de modo a permitir o cultivo da amêijoa. A Fajã dos Cubres está localizada a cerca de 3 km para oeste da Fajã da Caldeira do Sto. Cristo e, tal como esta, viu incrementadas as suas dimensões na sequência de sismos, como os de 1757 e de 1980.
